药师证和执业药师证书在含金量和就业方面都有很大不同，具体内容详见下文。
执业药师证是药监局发的，属于执业资格证书，执业药师也称药剂师，是负责提供药物知识及药事服务的专业技术人员，是解答市民大众有关药物问题的最适当人选。药剂师负责审核医生所处方的数种药物中有否出现药物相互作用；并根据病人的病历、医生的诊断，为病人建议最适合他们的药物剂型(如：药水、药丸、塞肛药等)、剂量；同一时间，他们亦会教导病人服用药物时要注意的事项和服用方法。执业药师证一般是在药店工作需要用到的。
初级药师证是卫生局颁发的，属于职称专业技术资格证书，参加初级药师资格考试并成绩合格者，由人事局颁发人事部统一印制，人事部、卫生部用印的专业技术资格证书。该证书在全国范围内有效。一般初级药师证是在医院工作需要用到的。
两者区别:
1.在取证方面：执业药师要高一个层次，执业药师是国家统一考试，全国范围都承认。药师证只是在省药监局组织考试，只有省内承认。
2.在认证方面：执业药师是从业资格。执业药师是指经全国统一考试合格，取得《执业药师资格证书》并经注册登记取得《执业药师注册证》，在药品生产、经营、使用单位中执业的药学技术人员。药学技术人员是指具有药学专业知识，取得药学专业技术职称并从事药学工作的技术人员。
3.在理论方面：执业药师是药学技术人员的一部分，药学技术人员不一定是执业药师，但执业药师一定是药学技术人员。
4.在职称方面：药师是属于职称，药师具体按专业不同分中药师、(西)药师，中药师与西药师都是药师，待遇都一样，只不过具体的专业不同。所谓的初级指的是职称，职称级别：初级、中级、副高、正高。
5.在晋升方面：中药师的晋升次序是：中药师、主管中药师、副主任中药师、主任中药师。(西)药师的晋升次序是：西药师、主管西药师、副主任西药师、主任西药师。中药师与西药师都属于初级职称。上下级药师之间在业务技术上有指导关系。
6.在药店编制方面：药店必须配备一名执业药师，若只卖西药，只需一名西药执业药师，若只卖中药，只需一名中药执业药师，若中西药都卖，不管你有没有西药执业药师，必须得有中药执业药师。
执业药师在中国人事考试网报名，药师证在中国卫生人才网报名。
